密蘇里艦前後兩個火控中心（plotting room）均設置在水線以下, 各自的指揮塔卻高踞在艦體上方。指揮塔配備MK-38 指揮儀: 包括MK-48 光學測距儀, 光學瞄準儀, MK-13火控雷達, 輔助計算機及附屬設備。遠遠看去, 指揮塔像個巨大的準星。其實, 設置指揮塔的初衷就是使其作為艦炮的準星, 或可稱為艦炮的耳目“eyes and ears”。
指揮塔外視圖。
指揮塔內視圖。
MK 13 火控雷達天線
方柱裡面圓柱形物體即為MK-48 型 8.08米基線25倍體視式光學測距儀。其上方橢圓柱形整流罩裡面是MK 13 火控雷達的瓜皮形搖擺天線。
前指揮塔（Spot 1）位於無人機操控雷達天線球形整流罩的後上方。見下圖:
後指揮塔（Spot 2）位於三號砲塔的後上方, 見下圖:
指揮塔定員通常為6 - 7人。指揮長(spotting officer)，迴旋手(trainer)，俯仰手（pointer）,校準手（cross leveler）, 雷達手（radar range operator）, 以及測距儀操作手。指揮塔左右迴旋依靠直流電動機提供動力，以10度/秒迴旋速度搜索目標。指揮塔內部空間極為逼仄，幾無轉身之地，更兼高踞水線之上近40米，在波濤洶湧的海面上晃動幅度常常超過8米。
指揮塔內部工作示意圖
指揮長通過專用觀察鏡掌握敵方目標的準確方位，命令迴旋手操縱方位盤保持在正確的方位上。迴旋手和俯仰手在校準手的協調下，將光學測距儀對準目標, 確定瞄準線, 測定目標的方位，距離，仰角及速度, 測算本艦體橫搖縱擺，並不斷地將數據傳送至火控中心。
雷達手則操縱火控雷達獲取目標的方位和距離。由於火控雷達比光學設備更具優勢，發現目標快，探測距離遠，無論煙遮霧罩，誤差極小，且全天候工作。火控雷達能自動跟踪目標運動並相應控制迴旋動力，不斷更新目標方位和距離，實時顯示彈著點，指揮長能夠及時指揮落點修正。火控雷達的應用使得光學測距儀的功能老舊過時。因此二戰以來的實際作戰中，首先或主要依靠火控雷達更快捕捉和確定目標，更準獲取方位，距離及仰角。而日本海軍就沒有火控雷達，單單依靠光學測距儀在煙霧中難以捕捉及觀測目標，當然也不能夜戰，需要指出的是， 密蘇里艦所配MK 13火控雷達是當時最先進的， 沒有之一， 如此的耳聰目明，對付日艦自然具有壓倒性優勢。不過，光學測距儀仍是火控指揮的基石， 起到重要的輔助作用。
在發生激戰，戰損或射擊多個目標時, 指揮塔可以通過測量水平面和交叉平面來部分取代火控中心的垂直穩定儀; 以及通過輔助計算機進行數據計算，提供射擊指令來部分取代火控中心的射程計算機, 並繞過火控中心, 通過主砲配電盤將射擊諸元直接傳給砲塔。
除了兩個火控指揮塔之外，還有一個砲擊指揮所”Spot 3”， 位於05層露天艦橋, 其17.3英寸圓柱形的鋼甲使之成為全艦防衛最嚴實之處，又稱為堡壘（citadel）。砲擊指揮長通常駐守於此，由於射擊距離較遠，需要砲擊指揮所內的指揮人員統一指揮齊射或半齊射。另外，指揮所裡的相關人員，還會使用相關的裝置，對火控數據進行修正，在修正完成後，下令主砲射擊。
砲擊指揮所
綜上可知，戰列艦砲擊敵艦的觀測計算射擊過程相當複雜：大致流程是這樣的：首先由指揮塔發現目標，跟踪目標，收集射擊諸元的各項數據，如敵艦的航速，航向和距離，本艦的航速，航向，搖擺；繼由火控中心解算射擊諸元，解算時還要考慮氣溫，濕度，風速，風向，砲彈種類，發射藥量，膛線磨損，地球自轉速度，瞄準裝置與各主砲塔的高差及距離等等，並將射擊諸元通過配電盤傳到各主砲塔的伺服系統。主砲塔則不斷進行彈藥裝填，並發出就緒信號。根據不同情況或預案，指揮塔，火控中心以及各砲塔均可以操作主砲發射砲彈。指揮塔還要負責觀測彈道和彈著點，若對敵艦形成跨射或近失，就繼續射擊。若有偏差，就進行校正，然後繼續射擊，直至命中。
不過， 密蘇里艦雖經歷二戰， 韓戰和海灣戰爭，卻從沒機會參加真正的海戰。畢竟有史以來最大也是最後的海戰– 1944年10月下旬的萊特灣大海戰– 基本摧毀了日本海軍力量，而密蘇里艦儘管加裝了大量最新的指揮通信設備，待趕到太平洋戰場，已經是1945年1月。按說還有一次機會能跟日艦對決：1945年4月的沖繩島戰役中，日本海軍大和號戰列艦組成海上特攻部隊，準備突入沖繩海域消滅美軍登陸編隊。正在執行砲擊任務的密蘇里號，新澤西號，威斯康星號被調出準備攔截日特攻艦隊。但是，大和號被美艦載機群擊沉。美、日兩國最強大的戰列艦進行海上對決的機會就此永遠消失。因此無論是硫磺島戰役， 沖繩島戰役以及對日本本土的攻擊作戰，密蘇里艦執行的任務都只是登陸炮火準備和轟擊岸上軍事和工業設施，對付的是靜止目標，使用的大都是高爆彈。而高爆彈造成的彈坑直徑就有15米， 其衝擊波能消滅方圓270米內的生物。所以，按照預定的砲擊區域，逐片排炮轟去， 盡情痛毆敵方，還可以彈射一架水上飛機觀測彈著點並且評估砲擊效果。可謂挑戰性極小。
二戰結束後，密蘇里艦裹挾著勝利的氣勢，威風凜凜地巡弋各大洋，彰顯美國海軍實力。在其後的韓戰以及40多年後的第一次海灣戰爭中，精密高效的指揮儀寶刀未老， 仍然發揮著至關重要的作用。
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